一三三六年(延元元年、建武三年)足利尊氏所开创的武家政权。至一三九二年(明德三年、元中九年)为止，日本一直停留于南北朝对立的时代，而其最盛期则属三代将军足利义满的应永年间(一三九四～一四二七年)。另一方面，也呈现出有力守护大名连合政权的态势。然而，伴随应仁之乱的发生，幕府的势力乃逐渐衰退，最后退居成一介京都地方政权之类的存在。一五七三年(天正元年)，十五代将军／足利义昭被织田信长所追放，幕府的政权乃随之灭亡。


在南北朝长期间的动乱下，尊氏之孙足利义满（1358~1408）次第将混乱的情形压制下来，幕府终于迎接了久违的安定局面。义满于一三九二年（明德三年），以和平统一的口号对南朝提出呼吁，实现南北朝合体的理想。成功地结束长达六十年间的内乱状态。此外，由于战乱而失去庄园，导致公家的经济力与社会地位衰退，幕府乃乘机将公家的资源吸收过去。义满接收了京都的市政权（★）与对诸国赋课的征收权，确立幕府其本身成为统一全国的政权。义满于一三七八年（永和四年）在京都的室町建造了一个豪华邸宅，称为"花 御所"，并在此执行政务，因此足利幕府也被称为室町幕府。

（★）京都乃全国的工商业中心，公家的政权所在地。幕府剥夺了京都的商业课税权与支配权。

幕府的机构在义满的时代几乎整备完成。新政权赋予新设的管领极大的权限。管领统辖政所‧侍所等中央机构，而将军对守护的命令，也必须透过管领传达。在惯例上，管领的职务由足利氏一门的有力守护细川‧斯波‧ 山三氏担任，称为"三管领"；侍所的长官称为所司，由赤松‧一色‧山名‧京极四氏担任，称为"四职"。这些大名占据幕府权力中枢的位置，负责重要政务的决定等幕府的营运工作。
幕府也致力于支持将军权力的军事力量之形成，因而集合足利氏的家臣与守护一族，以及有力的地方武士，编为直辖军，称为"奉公众"。奉公众平时在京都护卫将军的安全，并且也扮演牵制负责管理"御料所"（*指散布于诸分国的将军直辖领）之守护动向的角色。义满以强化幕府体制，企图统制在动乱环境中日渐强大化的守护阶层，藉此削减其势力。

幕府的财政收入，除了御料所、有力守护的分担金，还有来自地头与御家人赋课金的补贴；对京都经营高利贷的土仓与高收入的酒屋业者课征仓役、酒屋役；在交通要地设置关所，征收关钱、津料；对有从事金融活动的京都五山禅院课税；另外还有来自明‧日贸易的利益收入；国家有特别行事时，则透过守护向全国征收"段钱"，或临时性的"栋别钱"。

幕府另外设置地方机构~鎌仓府与九州岛探题。尊氏非常重视曾为鎌仓幕府所在地~关东，以其子基氏（1340~1367）为鎌仓公方，负责鎌仓府的业务，支配关东八国，外加伊豆、甲斐，合计十国。其后，鎌仓公方由基氏的子孙世袭，而辅佐鎌仓公方的关东管领则由上衫氏一族世袭。鎌仓府的组织与幕府大致相同，但是由于权限过大，经常与幕府发生冲突，甚至反抗幕府。