15-16世纪的世界正处在大变革的时期，这是世界历史上最为重要的转折时期。欧洲的中世纪正在走向尾声，西欧人的视野正在前所未有地扩展，经济、政治、文化等方面都发生了巨变。东欧的俄罗斯则在彼得大帝和叶卡捷琳娜女皇的统治下迅速崛起。在亚洲，中国的大明帝国正在从强盛走向衰落，南亚新兴的莫卧尔帝国正欣欣向荣，西亚的奥斯曼帝国也在苏里曼大帝的领导下步入强盛。

1534年，在抵制宗教改革的运动中，天主教成立了耶稣会，这个宗教团体对天主教的东传起到了重大的作用。也正是天主教的东传，使日本、中国等东方国家的历史发生了巨大变化，其中，日本的变化更为激烈。

天主教能传入日本，与西欧的变革息息相关。新航路的开辟和大航海时代的到来为欧洲人在日本传教提供了可能。随着教皇子午线和《托德西拉斯条约》的签订，西葡两国走上了对外扩张的道路，成为在东方传教的主角。

耶稣会是当时欧洲天主教传教的急先锋，他们试图把天主教的福音传播给世界每一个角落的欲望比当时欧洲任何一个宗教团体更为强烈。所以，耶稣会也当仁不让地担负起首先将天主教传入日本这个东方岛国的重任，而完成这一重任的，就是耶稣会创立者之一：方济各·沙勿略（FranciscodeXavier，1506-1552）。

方济各·沙勿略为西班牙人。1540年，他以国王钦使和耶稣会东方传教团首脑的身份从葡萄牙出海前往东方，在马六甲遇见了流亡的日本浪人弥次郎，后者向他介绍了自己的祖国。于是在1549年，方济各从印度的果阿起程前往日本，同年8月抵达日本最南端的鹿儿岛，通过弥次郎见到了当地的大名岛津贵久，并成功获得了岛津的传教许可。事实上，岛津贵久对天主教的兴趣更多地集中在和“南蛮人”（日本称从东南亚转来的葡萄牙人等西方人为南蛮人）贸易的巨大利润上，所以他对“南蛮人”的传教士也加以礼遇。方济各得以在九州南部开展传教工作，由于语言和文化的差异，传教的效果不尽如人意。在弥三郎的协助下，许多天主教术语被以日本本土的佛教术语加以生硬地解释。不久，本土的佛教徒就意识到这个外来的充满排斥性的宗教的威胁，于是岛津贵久开始转变态度，决定禁止天主教的继续传播。

在这样的打击下，方济各决定前往京都寻求天皇的支持，以获得在日本全国的传教权利，并借此扩大影响。这个道路充满艰辛，应仁之乱以后的日本处于兵荒马乱的时代，传教士奇怪的面貌和衣着也成为沿路人取笑的对象。但艰辛的付出并不意味着有丰硕的成果。天皇和将军的权威在应仁之乱以后已经损失殆尽，何况风尘仆仆的方济各根本连天皇的面都没能见到。方济各的上京之行一无所获。他在挫折面前翻然醒悟，改变了依靠天皇的想法，决定折回山口，求见在中国地区权势熏天的大名大内义隆，他以“南蛮物”闹钟、火枪、八音盒等新奇之物获得了大内义隆的好感。出于对“南蛮”贸易的渴求，大内义隆成为天主教在山口传播的保护者。有了官方的支持，加上传教士本人的魅力，天主教在山口获得了很大的成功。1551年，方济各又接受了府内的大名大友宗麟和当地葡萄牙商会的邀请前往府内，开辟了府内传教点，大友宗麟本人因为“南蛮”贸易和火枪技术而对天主教情有独钟，后皈依天主教。九州北部成为日本天主教的主要传播中心。

方济各于1552年病死于中国上川岛，没能实现进入中国传教的梦想。但他的活动使天主教成为当时日本有影响的宗教之一，日本战国的时代也因此被称为“切支丹”（Christian）世纪。

1563年，著名的传教士弗罗伊斯（LuisFrois，1532-1597）到达日本，他通过和田惟政与当时最有权势的大名织田信长会面，并成功取得了信长的信任。信长利用天主教来打击佛教敌对势力，利用天主教来获得和“南蛮”人贸易的利益和装备军队所需要的枪支。日本天主教因此得以大发展。在这短短一个世纪里，天主教传播的迅速实在令人咋舌，信徒疯狂发展到数十万人之多，上到手握兵权的大名，下到为衣食所迫的贩夫走卒中都有皈依者，北到北海道，南到鹿儿岛都有信徒。京都、安土、府内等地成为天主教发展的主要中心。

然而，天主教在日本的传播如同昙花一般，只灿烂了短短一个世纪就退出了历史舞台。这和日本的两代统治者：丰臣秀吉和德川家康对天主教的态度有密切的关系。丰臣秀吉本人并不喜欢天主教的“一夫一妻”主张，对天主教说不上有什么好感，所以不会像对洋枪和贸易有着浓厚兴趣的织田信长那样支持天主教的传播。在获得日本政权后，丰臣秀吉于1587年发布了著名的《伴天连追放令》，宣布日本为神国，故天主教违反天下御法度，是为非法，所有传教士二十日内必须离开日本不得再来。但允许和“南蛮”人保持商业上的往来。事实上，在这一著名命令后，天主教禁教还不是很严厉，丰臣秀吉当然不想丢掉和“南蛮”人贸易的巨大利润，也不希望引起切支丹大名的叛乱，因此对西班牙圣方济各会的传教睁一只眼闭一只眼。但就在此时，庆长元年（1596），发生了“圣菲利浦”号事件，从而引发日本天主教史上著名的“庆长大殉教”。