后醍醐天皇消灭了镰仓幕府后，就进行了第一次的王政复古，推行新政，史称建武新政。由于，新政未能满足武士的要求，而且只重用京都的公卿贵族，故引来武士的不满。其中，倒幕大将足利尊氏更为不满，他虽然被赐给天皇名字中的尊字，但他想开幕府，结果足利尊氏迫后醍醐天皇退位。新天皇光明天皇策封他为征夷大将军，是为北朝。

而后醍醐天皇退位后，持着天皇象征的三神器退往大和（今奈良县）的吉野，是为南朝，至此南北朝终于形成，史书还称为“一天二帝南北京”

 
鹿苑寺金阁（北山文化）
慈照寺银阁（东山文化）经过多次攻防后，南朝的势力衰退，终于南朝的天皇把三神器交给北朝的天皇，结束了南北朝时代。