（1573年至1603年）

天正元年（1573年），织田信长灭了足利幕府后逐渐成为全国最强大的军事首领，并开始积极拓展统治版图，直到天正十年（1582年）消灭甲斐大名武田氏为止，已几乎完全控制近几地方与东海地方，并将势力延伸至中国地方、甲信越地方、四国地方以及北陆地方。同年，部将明智光秀发动本能寺之变，织田信长失踪（或说死去），长子兼织田家家督织田信忠败给明智光秀后自杀，整个织田氏顿时陷入混乱。

此时，织田氏部将羽柴秀吉在山崎之战中讨灭明智光秀，并在后来的家族会议中取得优势，而于隔年的贱岳之战打败另一重臣柴田胜家，成功整合织田氏的版图。

1584年，羽柴秀吉与东海地方大名德川家康爆发会战，双方经过一番对峙后进行和解并结为同盟，同年，大坂城完工，羽柴秀吉以此为根据地，开始进行统一全国的计划。经历四次的大规模讨伐后，1590年，接受天皇赐姓丰臣的秀吉完成全国大致上的统一，使日本进入百年来首见的和平时期，全国的实际政治中心也转移到大坂城的丰臣氏手上。

此后，丰臣秀吉鼓励商业以广开财源外，持续推动全国检地与刀狩令的工作，并以各种手段削弱主要大名的封地。1592年起，他发动两次侵略朝鲜的战争，史上合称文禄·庆长之役（即万历朝鲜战争，韩称壬辰卫国战争）。这场战争导致西日本诸大名实力大损外，也造成丰臣氏财力上严重的负担，并促使家臣严重分裂。

1598年，丰臣秀吉去世，全国再度陷入混乱。当时最强大的大名德川家康利用政治手段控制大坂城的权力中心，招致多数大名与丰臣内部文官的不满。1600年，不满的大名在文官石田三成与大名毛利辉元的号召下起兵讨伐德川家康，双方在关原之战中交手，结果德川家康大获全胜，成为全国实际的统治者。1603年，天皇下旨封其为征夷大将军，至此进入江户时代。