元治元年（1864年）8月、幕府は九州各藩に長州への出兵を命じた。佐幕派となった熊本藩もこれに応じ、沼田勘解由率いる一番手2393人が小倉へ向かった。11月には有吉将監の二番手5436人、さらに長岡護美の3785人が続き、徳川慶勝配下に加わった。この際には長州藩の内部分裂もあり、戦闘には至らなかった。

しかし慶応元年（1865年）、長州の実権を倒幕派が握ったことなどから幕府はふたたび長州の討伐を実行に移した。熊本藩はこれに批判的ながら出兵に応じ、前回同様小倉に赴任した。幕府老中・小笠原長行指揮の下戦闘が始まったが、多くの藩や幕府軍までもが傍観を決め込み、小倉藩は苦戦した。熊本藩は唯一救援要請に応え、赤坂方面で長州軍を退けた（赤坂・鳥越の戦い。現在の北九州市立桜丘小学校付近）。しかし大局は長州側に歩があり、将軍・徳川家茂の訃報が伝わると幕府側は敗走した。小倉藩は香春まで退却し、当時6歳の幼君豊千代丸（のちの小笠原忠忱）や家臣の家族たちは熊本藩が保護した。一行の熊本滞在は半年間に及んだ。