在日本幕府时代将军们的行动中，《孙子兵法》几乎成为日本军人行动的指南，他们将孙武“上兵伐谋，其下攻城”奉为圭臬。统一日本的丰臣秀吉更是将这一思想作为制定策略的主要原则，因此人们称丰臣秀吉是日本间谍的开山鼻祖。图为丰臣秀吉（1537-1598），16世纪末日本封建领主，在织田信长死后，取代其地位，后统一整个日本。晚年，发动对朝鲜半岛的侵略战争，因战事不遂，忧愤而死。

丰臣秀吉的继任者是德川家康。德川家康开启了一个长达260年的德川幕府时代。德川幕府设在江户（今东京），天皇的朝廷设在京都，天皇对政治没有发言权。德川家康为控制全日本，在幕府专设间谍机构户城户，配备有300名以上的密探，将其派遣到全国各地，侦探260个藩国的动静。他还建立了“伊贺组”和“甲贺组”两种间谍组织。德川家康所训练的谍报人员，在当时被称为“庭番士”，类似中国古代的“侍从”与“死士”。

日本政府在明治六年（1873）派海军少佐（后升海军大将）桦山资纪，及海军大尉儿玉利国赴华南及台湾进行侦探。当时适有日本画家安田老三游历中国写真，桦山就同安田商妥，为避免中国官吏注目，自己扮作安田的随行学生，将台湾地形测绘成图。后来，西乡从道侵略台湾的时候，就以此图作为行动指南。日本占领台湾之后，任命桦山资纪为第一任台湾总督。

中日甲午战争之前，日本参谋本部海外谍报人员在华活动十分活跃。它的代表人物是荒尾精。荒尾精到中国进行间谍工作，虽是奉着参谋本部的密令，可他却是在岸田吟香的乐善堂的财力资助下，才能够大规模地开展活动。图为荒尾精（1859-1896）戎装像。

1877年，岸田在东京银座开乐善堂本铺，销售能医治眼病的“精奇水”。1878年，岸田到上海英租界河南路开设乐善堂分店，向中国内地推广销售“精奇水”。此外，他还经销守田的“宝丹”以及其他日用品。数年之间，获利甚丰。但岸田并不满足于个人富有，他的目标是使日本富强，使中国归日本掌握，并最终变为日本的殖民地。正在这时，荒尾精渡海西来，岸田愿以乐善堂获利援助荒尾，支持其实现侵吞中国的野心。

图为桦山资纪的《台湾日记》手迹。

日本间谍对中国的文化都有研究，不少人是造诣颇深的汉学家。图为岸山吟香的书法。