七月，信长在近江饭本集结了8万大军，包围了二条城，守将三渊藤英立即失去战意而投降。十七日，信长发动了对义昭所在的债岛城的总攻，围城的有尾张兵5万与美浓兵2万，轻而易举地渡过涨水的宇治川，占据了城的外郭。义昭虽奋力抵抗，但3700人对于7万织田军几乎村不成阻碍，重臣们纷纷叛离。所幸信长也不愿承担杀害将军的污名，即以义阳交出摘于义导为人质作为条件提议停战。

至此，室町幕府最后的抵抗结束，足利义阳被剥夺征夷大将军职，送往三好义继的居城河内国若江城。统治了日本两个多世纪的室町幕府就此名实俱亡。