秀吉就任关白太政大臣，德川家康.上杉景胜的臣服，又平定了中国和九州后，丰臣家实际已经掌握了天下。秀吉要真正成为“天下人”，控制关东和东北是必要的。关东最大的势力——北条氏，就成了秀吉要征服的下个目标。北条家从始祖早云到四代的氏政一直都支配着关东，势力已经根深蒂固了。这时北条氏政已经把当主之位传给其女婿氏直，但仍然在幕后掌握北条的实权。
   为了进一步控制北条家，天正16年（1588）秀吉在聚乐第宴请后阳成天皇，举行盛大的庆典仪式炫耀他的地位和权威。再三的派遣使者邀请北条氏政.氏直父子上洛，而氏政无视秀吉的威势，拒绝前往，使秀吉大怒。而把女儿（督姬）嫁给氏直的德川家康，就做了双方的调停人，在家康的规劝下北条氏终于折服了，让氏政之弟氏规上洛觐见。氏规到达京都后，为实权掌握者氏政上洛提出条件，就是沼田领问题的裁定。
   沼田领问题——是德川.北条两氏和议时，将沼田领（今群马县沼田）划归北条氏所有。但家康的家臣真田昌幸以沼田城对岸有其先代祖宗的坟墓为理由，提出反对，双方一直争执不下。秀吉裁定沼田领三份二的领地归北条家所有，而有真田家祖先坟墓的名胡桃城归真田氏所有。氏直接受了裁定并向秀吉递交了氏政上洛的誓文书，而沼田城则派遣氏政之弟氏邦的家臣*俣邦宪为守将。
   这时双方之间的问题已经基本解决了，没有想到的事发生了。沼田城守*俣邦宪为自己扬名，对沼田对岸真田领的名胡桃城发起进攻并夺下城池。这是对秀吉政权裁定的反抗，违反了秀吉发布的禁止大名私斗的《物无事令》。丰臣政权当然不容许有这类事件发生，而北条家在“名胡桃城事件”发生后态度强硬，双方关系面临决裂。
   天正十七年（1589）11月，秀吉向北条氏递送了最后通牒和宣战布告，并对属下大名下达了动员令，准备进攻北条的据点小田原。小田原城是东西长2.7公里，南北达2.2公里的超级大城。巨大的城郭两旁有酒勾川和早川两条河流围绕，背靠相模湾，是座难攻不落的巨城。对这些了解的很清楚的秀吉共动员了二十二万人，准备对小田原大包围作战。
   小田原的包围分三方面进行，以家康为主力的军队从东海道向小田原进发，以上杉景胜.前田利家为中心的北陆势力从西北方向小田原进军，而在相模湾集结的是中国和四国的水军，并且派遣别动队攻击北条家在关东各地的支城。天正十八年（1590）二月，家康从骏府出发进军小田原之后，北陆方面中国.四国方面的大部队也陆续开到。二十二万人的粮食供应是个大问题，秀吉任命长束正家为兵粮奉行在清水湾调集了米二十万石，这数量足够二十二万大军维持200天，这是秀吉了解小田原的坚固而做长期作战的准备。
   另一方，在收到宣战布告后，北条侧火速派人命令各地支城强化防御，充实军备。天正十八年初，发布大动员令作好迎接秀吉大军攻击的准备。北条家重臣们进行讨论商议是守城还是野战，这就是俗称的“小田原会议”。推行积极进攻策略的是北条氏邦，他提出从富士川和黄漱川出击作战的方案，而松田宪秀则提出利用险要的箱根山做防守的方案，会议结果决定以守城作为战斗方式。原因是过去北条氏在面临上杉谦信.武田信玄的攻击时都是因为守城而度过危机的，这些事实使北条家有守城的自信。决定守城的方针后，除防卫据点上的城外，其他所有城的留守全部撤除，将战力集中在小田原，并且征集足够供应五万六千人守城大军的粮食。

但小田原城并不是能一战而克的。秀吉将本阵布于箱根汤本，而家康则在小田原以东布阵，以西的是细川忠兴.池田辉政.崛秀政.丹羽长重等人的阵营。在相模湾配置水军一万人，总兵力共22万人。四月六日，这个大包围网布置完成。以坚固著称的小田原城和强大的丰臣军之间的持久战开始了。
    紧张的状态在两军之间渐渐解除了，持久战期间，双方反而显的十分悠闲。小田原城内，除担当守备者以外，其余休息的人则照常优游嬉戏，下双陆.开酒宴.举行诗歌会。而包围军方面的丰臣方也一样，由于大量人口聚集，吸引了许多商人和妓女前来谋生。一时间在军营后面开设了许多的商店和妓院。而各家大名则修建起包含书院和茶室的庞大府邸，在庭院里种植树木和蔬菜。秀吉从京都将其爱妾淀姬接到军中，各大名也将妻子接来，并传来了千利休举行盛大的茶会，各大名互相宴请举行歌舞盛会。但在小田原游山玩水的秀吉并没有松懈，他派遣别动队四出攻打北条家在关东的支城，北条氏在关东的统治基础被摧毁，各个重要防御据点的城池被攻击，松井田城.岩规城.钵形城相继被攻克。六月二十日，长期抵抗的韭山城被丰臣军攻克，北条方残余的城只剩下小田原和忍城。而在这些重大的打击之后，使北条方战意完全丧失的是六月二十六日一夜城（石桓山城）的出现。这座名为一夜筑成的城，实际上从秀吉四月六日到达箱根汤本后就开始修筑的。城址在小田原望的到的石桓山，这是一座巨大的城，南北长550米，宽270米，修建八十日而成。秀吉将本阵移至一夜城，连夜将城前的树林砍伐干净。次日，这座巨城就出现在北条军士兵的面前。这是擅长计谋的秀吉的得意之做。
     秀吉的奇略有了重大的效果，守城军的士兵突然见到一座巨城出现在小田原的前方。变的人心惶惶，士气低落，北条家臣开始动摇了。而更直接的手段则是对北条重臣松田宪秀的策反工作，虽然由于宪秀之次子的告发，氏直发现了阴谋而没有成功，但给家臣们的心理造成了重大的影响，北条方开始从内部崩溃了。氏直在无法可施的情况下。七月一日，向丰臣军进行开城交涉，愿意自己切腹以换取家臣们的性命，秀吉接受了。七月六日。号称“难攻不落”的小田原城开城投降了，北条氏五代在关东的支配也落幕了。向秀吉提切腹自尽的北条氏直，因为是家康的女婿而被宽恕不死，流放高野山，北条氏政与其弟氏照切腹。
     丰臣秀吉的这次小田原之战其成果不仅是将北条氏所控制的关东纳入他的统治，而且还取得了统一天下的另一道门槛——东北平定的胜利。东北诸大名相继加入丰臣方表示臣服，拥有东北最大势力的伊达政宗却很晚才加入丰臣军，最初秀吉对政宗的迟到十分恼火，但最后好是接见了他，并接纳他的臣服。而这次未参阵的东北大名，在秀吉结束战后处理到达会津后，全部被没收了封地，秀吉完成了他统一天下的大业。
     （战败者北条氏直被封得关东9千不到1万石的封地。不久死去，因为他没有嫡子由北条氏规之子氏盛继承家督之位，得封四千石。）