足利氏原是上野豪族，而且更是镰仓幕府将军源赖朝同族，足利尊氏在京都的室町开设幕府，是为室町幕府。

南北朝的统一是第三代将军足利义满进行的，他统一了以后，曾企图篡夺皇位。但在他死后，第四代将军足利义持阻止了此事。

由于当初足利氏为了对付南朝，必须于京都开设幕府，而在镰仓设公方府，引来了关东大乱。

在第八代将军足利义政在位的时候，因继承权问题爆发了应仁之乱，自此幕府的权威日下。原本受幕府策封于各地的守护大名，有的渐渐被守护代(副官)、家臣、国人篡夺政权，有的可以保持政权至战国时代。从应仁之乱开始，至足利幕府灭亡，人称战国时代。

在京都中，幕府的权威日渐衰落，被管领细川家所干涉、拥立。第十三代将军足利义辉被杀，他的弟弟足利义昭被织田信长拥立，后因与信长作对而被流放，幕府灭亡，正式进入安土桃山时代。