1603年（庆长8年）至1867年（庆应3年）间被称为江户时代，于江户设置了江户幕府。

丰臣秀吉死后，德川家康在关原之战（関ヶ原の戦い）中获得胜利并被委任为征夷大将军，于大坂之战中灭了丰臣氏。幕府借由禁中并公家诸法度（禁中並公家諸法度）与武家诸法度驾驭朝廷和大名，各大名因参勤交替制度（参勤交代）被要求定期往返江户与其领国。幕府禁止基督徒（キリシタン、cristão），经历岛原之乱并完成锁国政策，只进行少部份在长崎出岛与荷兰和清朝的交易。和朝鲜王朝则透过朝鲜通信使维持关系。

政治一安定经济也跟着发展，在德川纲吉时代景气良好，商人与町人盛行元禄文化（元禄文化）昌盛。

浮世绘《富岳三十六景 - 凯风快晴》葛饰北斋

江户时代中叶，幕府财政陷入困境，德川吉宗实行享保改革（享保の改革）暂时恢复了财政，却又再度恶化，在这之后的寛政改革（寛政の改革）、天保改革等企图改善，但却未解决根本。伴随着货商经济的发展，化政文化（化政文化）等的町人文化（町人文化）盛行的另一边，以往以米的年贡（年貢）为基本收入的大名与旗本转为贫穷化。大名实行藩政改革（藩政改革），长州藩与萨摩藩在靠此改革成功后被称呼为雄藩（雄藩）。

到了末期时称为幕末，被欧美各国逼迫开国，经由培里来航而签下了日美神奈川条约（日米和親条約）等不平等条约使得锁国崩裂。随着开国尊王攘夷的思想强烈，成为半内乱状态后幕府的权威弱化，终于最后德川庆喜实行大政奉还而将政权归还给朝廷。