在京都，对于武田信玄的病痛一无所知的足利义昭正致为策划里应外合。天正元年（1573）三月，义昭在京都举兵5700呼应武田信玄，其中3700人随义昭驻于律岛城，其余由三渊藤英率领守备二条城。义昭同时包围了织田方京都奉行村并贞胜的宅邻，贞股只身逃出。三月末，织田信长率军入京，1万织田军包围了二条城。信长的和解提议被义昭拒绝，但义昭的坚定信心并没有起到积极作用，阵营内反对起兵并力主议的细川藤孝、荒木材重设靠到了信长一侧，义昭所期待的各地反信长势力的援军，也全都没有回音。特别是义昭的支柱武田信亡病重，已不可能进京，攻击三河的武田军已转入防御体制。陷于孤立的义昭在四月七日不得已接受了信长通过正亲町天皇提出的和议。然而为时已晚，当信长得知武田情玄在情浓国驹马死去的消息后，终于决定一举消灭室町幂府。

七月，信长在近江饭本集结了8万大军，包围了二条城，守将三渊藤英立即失去战意而投降。十七日，信长发动了对义昭所在的债岛城的总攻，围城的有尾张兵5万与美浓兵2万，轻而易举地渡过涨水的宇治川，占据了城的外郭。义昭虽奋力抵抗，但3700人对于7万织田军几乎村不成阻碍，重臣们纷纷叛离。所幸信长也不愿承担杀害将军的污名，即以义阳交出摘于义导为人质作为条件提议停战。

至此，室町幕府最后的抵抗结束，足利义阳被剥夺征夷大将军职，送往三好义继的居城河内国若江城。统治了日本两个多世纪的室町幕府就此名实俱亡。