对于中国的邻居日本，其祖先来自哪里一直是个谜题。在部分中国人看来，如果日本人的祖先果真来自于中国，也就不应当处处和中国作对。不过，在笔者看来，作对与否，跟祖先来自于哪里没有必然关系。对于中国的历朝皇帝，亲兄弟为了皇位自相残杀的例子实在是不胜枚举。

在不少日本学者看来，认为自己的祖先是蒙古人的移民。甚至有些日本学者还装模作样的进行了考古研究和DNA分析证明等，就是想把自己的祖先扯到一代天骄成吉思汗身上。在这一点上，日本人和韩国人真是不相上下，有的一拼。

根据中国的史料记载，在秦始皇剿灭齐楚燕赵韩魏这六个国家，完成秦朝的统一后。不仅用皇帝来显示自己的伟大成就，更希望延续自己的生命，真正做到千古一帝。不过，方士的丹药大都只是忽悠人的，下面的大臣也没有找到传说中的长生不老的药物。于是，秦始皇一气之下杀了不少大臣。这个时候，预感到大祸临头的徐福，主动跟秦始皇说，东海那边有长生不老的药物，只要秦始皇准许我带着500童男和500童女去能找到。

看到自告奋勇、信心满满的徐福，嬴政自然非常高兴，准许徐福带着童男童女去寻找长生不老的药物。不过，这徐福带着童男童女和一帮人漂洋过海的来到了今天的日本群岛，根本就没有什么长生不老的药物，于是就顺势不回秦朝，干脆在日本岛住了下来。而当时的日本，也存在着少部分的土著人。由于徐福带来了先进的文化制度、生产技术等，徐福也就成了日后的神武天皇。在自己所带的人口和当地人口充分结合后，从而形成了现在的日本。

此外，不管是日本的文字还是文化制度，都跟中国尤其是秦朝存在雷同的地方。而且日本的历史记载，也是开始于中国的秦始皇时期。最后，日本鬼子入侵中国的时候，部分日本人甚至无耻的表示：这不是侵略而是寻找自己的祖先来了。

另外，还有网友认为日本的原田氏是汉献帝的后裔，这不仅体现在中国的史料记载中，也能从日本原田氏谱系和中国刘氏宗谱寻找到相关记载。