日本历史对天皇祖先的记载语焉不详，只说第一位天皇神武天皇，在公元前660年即位，是“天照大神”的后裔，仅有年表而欠缺实际事记载，一直到第十代的崇神天皇，才有实际文物支持。日本早期历史一片空白，令日本以至外国历史学家都认为日本天皇的祖先根本不是本地人，而是外来的中国人或朝鲜人。

　　中国史学家一直认为神武天皇，就是当年秦始皇派遣出海求仙药的徐福，而近代学者也大多认为，日本早期天皇可能来自中国或朝鲜，因为中国大陆和朝鲜半岛邻近日本，在上古时已有大批人渡海移居日本，繁衍至今就是现代日本人。1970年代，日本学者鸟越宪三郎指日本人源自云南，其后更有人将范围缩窄至彝、哈尼和傣等少数族裔。英国《泰晤士报》前年在一篇报道中，揣测日本政府严禁学者调查天皇皇陵，就是怕发掘出天皇是来自中国或朝鲜半岛的证据。

　　这论点获现代遗传学的支持，考古学家在1980年代，曾为一副日本原住民骸骨进行脱氧核糖核酸(DNA)测试，得出的数据和现代日本人差异极大，仅和北海道一批现存的少数族裔合；东京大学医学院的德永胜士也在2003年，比较了东亚各国人第六号染色体的HLA遗传基因，结果发现日本人不像冲绳人或北海道阿伊努人，反而更像朝鲜人。

　　日本人拥有朝鲜人血统是不难理解，据日本编年史记载，桓武天皇的母亲是古代朝鲜百济王国的王族中人。