宇多天皇继位前，曾在阳成天皇有朝廷做过殿侍奉。后来继位后，一次路过阳成院时，那个被勒令退休的荒唐鬼以嘲笑的口吻说：“当今圣上不是我当年的家丁吗？”

宇多天皇一方面摄于藤原基经的威势，一方面也是真心感谢他，下诏宣布：凡事须首先“关白于太政大臣”，这就是“关白”一职的出处。于是“关白”成了天皇之下，百官之上的最高官位。藤原基经从当年天皇年幼的“摄政”，变为天皇年长后的“关白”，史家称其为“摄关政治”。日本的摄关政治不但擅权当政，甚至决定天皇的废立，所以“摄关”凌驾于天皇之上，形成一种特有的政治体制。

891年，藤原基经病死，宇多天皇为了抵制藤原氏的势力，恢复天皇的权威，任用道德文章均属上乘的儒士菅原道真为右大臣。藤原氏反对天皇任用菅原道真，为此编造谣言陷害他。藤原基经的儿子藤原时平权势日增，加以权门贵族对他的政策多方抵制，宇多天皇深感再与他们周旋已力不从心。于是，897年，宇多天皇让位给13岁的敦仁皇太子，就是醍醐天皇，他自己则在仁和寺剃度出家，人称宇多法皇。宇多法皇退居二线之前，把儿子托付给藤原时平和菅原道真，请他们多加指导和帮助。