土方岁三（1835-1869）生于武藏国多摩郡石田村（现在的东京都日野市石田），有三个哥哥，两个姐姐。在他出生前三个月父亲就去世了，所以，土方岁三是个“梦生”；6岁时又死了娘，是二哥喜六夫妇将他抚养成人；他13岁那年连下暴雨，多摩川洪水泛滥，他家的房子又被冲毁了。虽然他家本来是殷实人家，但因父亲早亡，大哥有眼疾，二哥继承家业，土方岁三11岁就不得不到江户上野的一家和服店当学徒。但生性争强好胜的土方岁三和掌柜吵架，离开了和服店。17岁时他又到江户大传马町的一家和服店打工，这回又把女佣的肚子搞大了，被赶出了店。幸好姐姐嫁给了日野著名的“名主”佐藤彦五郎，佐藤彦五郎收留了他，还因此认识了近藤勇，不想这一来竟然决定了他一生的道路和归宿。

1849年，土方岁三的姐夫佐藤彦五郎为了保护自身的安全，设立道场，请来了天然理心流剑术名人近藤周作，教授自己和一群青年剑术，本来在各处卖药为生的土方岁三，也非常热心地练起了剑术，并将剑术练得十分出类拔萃。同时，在这里土方结识了佐藤彦五郎的养子近藤勇以及冲田总司等人。1863年，幕府将军德川家茂为朝拜天皇去京都招募保镖浪士，近藤勇、土方岁三等人都报名参加了，并一起奔赴京都。当时的京都是“尊王攘夷”志士活跃的地方，而主张“公（皇室）武（幕府）合体”的近藤勇、土方岁三等人便毛遂自荐地要求担任了会津藩主兼京都守护松平容保的卫戍部队——这就是“新撰组”的由来。新撰组成立后，土方岁三协助近藤勇火并了芹泽鸭，逼死了新见锦。近藤勇当了局长，土方则当了“副长”；他亲手制订了新撰组的家规“局中法度”，规定若有违犯者必须立即剖腹。因为土方岁三在执行法规及对待敌人上心狠手毒，所以有“新撰组魔鬼副长”的诨号。接着，土方岁三和近藤勇一起发动了震惊全国的“池田屋事件”，血刃长州倒幕志士们，从而使新撰组声名鹊起。据说，这一事件竟然使长州藩势力在京都全面败北并被幕府宣布为“朝贼”，从而引出了其后的两次“征长战争”，并使明治维新推迟了一年之久。可见其作用不可等闲视之。接着，新撰组越发招兵买马，近藤勇主外，土方岁三在家训练组员们剑术和洋枪洋炮，此时的新撰组已经拥有200名成员了。

1867年，孝明天皇驾崩，德川庆喜当上15代将军，明治天皇即位。此期间经过坂本龙马的撮合，长州、萨摩、土佐等藩结成了倒幕统一战线。正所谓“大厦之将倾非一木所能支”，会津藩、新撰组等虽然试图力挽狂澜，但敌不过时代的大潮：德川庆喜不得不采取主动搞了个“大政奉还”。然而，倒幕派却影响朝廷发出“王政复古”号令，“小御所会议”决定令德川庆喜还地交权。恼羞成怒的德川庆喜在伏见、鸟羽陈列大军，试图将倒幕军赶出京都。在伏见、鸟羽一战中，土方岁三代替受伤的近藤勇，率新撰组参加幕府军与维新军的交战。但在西乡隆盛指挥的维新军强大西洋炮火打击下，幕府军大败，新撰组只得随幕府军逃往江户。在下总一战中，由于维新军的奇袭，幕府军连连败走。此时，近藤勇投降，说是为了掩护其他新撰组队员撤退。土方岁三与近藤勇诀别后，率新撰组残部与幕臣大鸟圭介合流，参与了宇都宫、会津等地的战役，为解会津之危，他们奔赴仙台投奔带几艘军舰从江户逃到这里的海军奉行榎本武扬，土方岁三被选为抵抗维新政府而成立的奥羽越列藩同盟的总指挥，但幕府军仍然是节节败退。1868年10月，以榎本武扬为首的反维新军到达北海道函馆五稜郭，在这里成立了所谓“虾夷共和国”，土方岁三也被选为“陆军奉行”。1869年，维新军攻打北海道“虾夷共和国”。函馆市陷落，榎本武扬等人也有了投降的意思。5月11日，眼见大势已去的土方岁三，决心战死沙场，他单枪匹马冲入敌阵，试图去援助弁天炮台，但由于腹部中弹落马，被抬到附近农家，他只对手下人说了一句：“承蒙关照了，对不起！”便永远停止了呼吸，时年35岁。

土方岁三对比近藤勇，其不同之点是：土方岁三主内，他工于心计，胸中颇有韬略，往往以谋士的身份待在近藤勇身旁。这位英俊潇洒，文武双全的副长可谓新撰组的智囊。近藤勇作为新撰组的局长享誉世间，而艰苦细致的工作则主要都是土方岁三来完成。土方岁三靠的是“恩威并重”，他一方面要用凝聚力团结、笼络住队员，另一方面，他又要靠酷刑甚至逼其剖腹等等手段来威慑队员。所以，有人说土方岁三才是新撰组实际上的皇帝；另外在负隅顽抗的彻底性上，土方岁三比近藤勇更胜一筹，近藤勇打到江户就迫不及待地投降了，打算剖腹自杀却不被允许而被斩首，这在武士来说，当然是一大耻辱。而土方岁三则战斗到最后一口气，为他自己的人生画上了完满的句号。从新撰组组建到覆灭，土方岁三自始至终与其生死与共。虽然两人都是著名的剑客，但根本不是枪炮的对手。在最后阶段新撰组连战连败，土方岁三眼睁睁看着战友们一个个的死去。函馆五棱郭之战，绝望的土方岁三单人独马闯入敌阵奋勇战死。有的日本人说：日本人心目中有两个土方岁三：一个是为达到理想，不惜让自己双手沾满鲜血的秘密警察二把手；另一个则是勇武的孤胆英雄，是一个为同伴和自己的政治理想而将生命置之度外的勇士。

土方岁三曾经写过一首和歌：“纵使葬身虾夷荒岛，灵魂也要死守东君。”这里的“东君”，是指对他有知遇之恩的松平容保。因此，尽管土方岁三完满地完成了他悲剧英雄的一生，但是他的忠诚和近藤勇并没有本质的区别。

新撰组，从组建到灭亡短短六载，在历史长河中不过是稍纵即逝的瞬间，然而，他们却造就了幕末最强的剑客集团，在腥风血雨的幕末导演出有声有色的一幕幕载入史册的人生悲剧。这个强有力的剑客集团，如果走对了路，会变成莫大的积极力量，可惜的是他们恰恰站在了历史洪流的对立面了，因此，对历史的进步起的反作用是不言而喻的。作为一个反动组织，新撰组在日本历史上以及日本人心中竟然有着近乎神话般至高无上的地位。据说，日本的武士道深受中国儒家思想影响，比如“不成功则成仁”的思想，大约就来自孔子的“杀身成仁”和孟子的“舍生取义”。在“不成功则成仁”的问题上，土方岁三显然比近藤勇彻底得多。同时，同情失败者，大约也是人之常情，加之日本这个民族历史文化等诸多原因，在以新撰组为题材的电影和数不胜数的被加工和“戏说”的动漫中，比起近藤勇，日本人大多更喜欢土方岁三。